Trên toàn châu Mỹ gốc Tây Ban Nha Toà thẩm giáo bị bỏ đi từ năm 1813 đến năm 1825 lúc các thuộc địa đánh để giành độc lập.

Ở Venezia Napoléon ra lệnh bỏ Toà thẩm giáo vào năm 1806.[44]

Ở Bồ Đào Nha "Đại quốc hội lập hiến đặc biệt" cho bỏ toà thẩm giáo vào năm 1821 sau cuộc Cách mạng Tự do năm 1820.

Ở Tây Ban Nha buổi hành quyết cuối cùng của Toà thẩm giáo là vào năm 1826:[45] giáo viên Cayetano Ripoll bị thắt cổ chết vì cố ý giảng dạy thần giáo tự nhiên trong trường. Năm 1834 các hoạt động của Toà thẩm giáo cuối cùng bị cấm.[46]

Sau khi Giáo hoàng nắm lại chính quyền trong Giáo hội Quốc vào năm 1814 thì hoạt động của Toà thẩm giáo tiếp tục đến giữa thế kỷ 19, đặc biệt là trong vụ Mortara được công khai rộng rãi. Năm 1908 Thánh bộ đổi tên thành "Thánh bộ Toà thánh", năm 1965 lấy tên "Bộ Giáo lý Đức tin" giữ nguyên đến ngày nay.